恐龙生物研究中心设立的目的是发掘和研究恐龙化石。他们在发现了一具结冰的恐龙后，马上通知了胜利队。大古和崛井林诺来到了现场。
工作人员：“这次我们发现的是大约距今一亿三千五百万年到六千五百万年前的白垩纪时期的恐龙。可以证明和塔伯特的恐龙非常相似。还有很奇怪。”
大古、崛井：“奇怪？”
他指着一具巨大的冰冻的恐龙化石：“看，就是这个。”
大古：“这是？”崛井：“哇！好大呀！实在大得惊人。而且还结着冰。真不敢相信呢！”
“还有你更不敢相信的呢！其实这只恐龙进行过生化电子手术。”
吃惊的崛井立刻用望远镜观察起来。大古：“怎么会呢？几千万年以前，谁能够对恐龙进行这种生化电子手术呢？”
“看样子这件事情并不简单。，有必要好好调查一下。”林诺说。
这时，大古的PDI响了，传来了野瑞的声音，“TPC总部被强烈的电磁波所笼罩，出现异常现象。”在基地里，所有的系统都紊乱了，天空上乌云密布，雷声大作。
传来了那伽人的声音：“郑重警告人类，地球将归我们那伽人统治…”居间队长立刻让野瑞进行反追踪，可所有系统无法运转，无法反追踪。那伽人人继续说道：“我们那伽人是宇宙之神。不要再做任何无谓的抵抗了。要是你们胆敢违抗我们那伽人，我们一定会让你们后悔的。”
这时，在冰冻的恐龙化石旁边一个女子锯开冰层，在恐龙的生化装置上安装一个装置，那些装置正在被启动。大古和崛井已经回到夏洛克车，正准备返回基地的时候，他们发现从刚才的冷冻恐龙中发生了异常的能源反应。
在通向恐龙化石的隧道里，一个女子飞快地奔跑，她拥有像恐龙一般的敏捷动作。这时大古和崛井返回了这里。他们和那女子在隧道里遭遇了，那女子被崛井打晕了。但她在晕过去前启动了恐龙。
生化电子恐龙丸迫奈扎复活了，并开始向市区方向前进。
在基地，那伽人继续说道：“我们那伽人曾经统治过地球上的恐龙，丸迫奈扎就是最好的证明。”
居间：“这就是他们改造的生化电子恐龙。”
这时基地的系统都恢复正常了。大屏幕上传来泽井总监的图像，泽井总监表示：“对于地球侵略者，我们立场一向坚决。无论受到任何威胁，我们决不屈服。”
居间：“是，我明白了。”
泽井：“GUTS的各位，拜托你们了。”
居间：“全体GUTS队员，准备出动。”这次行动就连野瑞队员也第一次获准出动。
他们驾驶GUTS飞燕1号和2号向恐龙发动攻击。恐龙用胸口上的机关炮还击。让GUTS吃了不少苦头。新城：“难道在几千万年以前，就有这么发达的科技了？”
恐龙走到市区边缘的时候，那伽人的声音再次响起：“我决定给你们一次机会，如果你们在一小时内不投降的话。我们丸迫奈扎将再次醒来，发动连续的攻击。直到将人类全部消灭为止。”随后，恐龙停止了活动。
居间队长：“趁现在，快在恐龙四周布好自动地雷。”
新城：“用德克萨斯光束怎么样？”
居间：“等一等，为了慎重起见，先对恐龙的内部进行透视调查。”
这时，古代生物研究所方面，大古传来通讯说，他们抓到了一个具有超人活动能力的少女。
在研究所，崛井：“外表看起来就是一个普通的女孩子。真由美，给她做全身检查。”
检查后，他们发现这位少女与白垩纪时期的一种叫特异龙的恐龙，它们拥有相同的DNA。崛井：“据说在六千五百万年前，一种名为鲁母的，在地球中呈黏稠液状的岩石。喷到地球表面后引起地球上的生态环境起了很大变化，从而导致恐龙的绝迹。说不定那时候有一部分恐龙躲过了那场浩劫，活了下来。比方说，有一部分被UFO带走。在宇宙的某个地方被进化。”
同时，宗方他们正准备用超级微波分析仪透视丸迫奈扎恐龙。透视后的结果相当惊人，在丸迫奈扎胸口的地方有一个中子弹。崛井：“这么大一颗中子弹万一爆炸的话，地球上至少一半的生物将遭到毁灭。”
这时，恐龙女苏醒了过来，他劫持了真由美，说道：“你胡说。那伽人保证过，它们一定会把这个地球送给我们恐龙人的。”
大古：“恐龙人？”
恐龙女：“他们还说，恐龙兵器丸迫奈扎是来把地球清理清楚干净的，而不是来毁灭地球的。我们恐龙人要住在干净的地球上。”她将真由美推向崛井他们后夺门而逃。
大古追了上去，“你别走，你一定是被那伽人给骗了。它们一开始就打算把地球毁了。”
恐龙女：“住口，那伽人是万能之神。就是它把智慧赐给我的。”
大古：“那我问你，为什么那伽人在丸迫奈扎体内安装中子弹呢？包括你也会被害死的。”
恐龙女：“我不相信。这是你们编出来的谎言。”
大古：“不是，这是事实。你不觉得体内被埋入了炸弹被改装成那样的丸迫奈扎很可怜吗？”
这是恐龙女已经开始怀疑起那伽人的用意了。这时出现了另一个恐龙人。原来那个恐龙研究中心的工作人员也是恐龙人，他说：“别被骗了，伊舞。”
伊舞：“阿达姆…”
阿达姆：“人类都是一些花言巧语的家伙，别相信他们。”
大古：“你又是谁？”
阿达姆：“我是阿达姆，经由那伽人之手进化成功的第一个恐龙人。”他开始向大古发动攻击。“既然你已经知道了秘密，就只有死路一条了。”
这时赶来的TPC队员开枪打伤了阿达姆。阿达姆逃到了天台上，打算启动丸迫奈扎。可是没有伊舞，只凭他自己的力量，他无法启动丸迫奈扎。于是在那伽人的命令下，他启动了丸迫奈扎2号。
突然街道下沉了，第二只恐龙出现了。它开始边向丸迫奈扎1号靠近，边破坏城市。
大古和伊舞来到天台上，伊舞意图劝服阿达姆：“阿达姆，试着相信人类。先跟他们谈一谈好不好。”
阿达姆：“你怎么还执迷不悟呢？为了让恐龙家族，再度生活在这个星球上，战争已经开始了。”阿达姆打算继续操纵丸迫奈扎，大古跳了上去和阿达姆扭打在一起。
在丸迫奈扎2号体内也装有相同的中子弹，如果这两只会合的话中子就会飞出来。那时地球上所有生物都会被毁灭。GUTS试图用德克萨斯光束对准丸迫奈扎脚部攻击，可在准备的时候，就被丸迫奈扎给击落了。
大楼上，大古和阿达姆的战斗还在继续，大古被逼到到了边上。阿达姆向大古发动最后攻击。伊舞挡在了大古面前，被阿达姆打下了楼。大古也立刻跳下去，变身为迪迦奥特曼，把伊舞救了上来。
阿达姆十分感动迪迦救了伊舞，他告诉迪迦：“丸迫奈扎2号已经脱离我对它的控制了，那伽人在宇宙操纵它。”这个时候林诺已经变身奈克瑟斯去了宇宙里。
迪迦跳到两个丸迫奈扎当中，开始阻止丸迫奈扎2号靠近1号。他在丸迫奈扎的机关炮下大吃苦头。
迪迦奥特曼立刻变身为空中型，一敏捷的速度躲过攻击，并向丸迫奈扎发动攻击。可他的力量明显不够，他被丸迫奈扎大趴在地上。陷入了困境。
迪迦对他们发射了冰冻光线，可是它们依然在不断靠近。他站到了两只恐龙的中间试图阻止，可一下就被弹开了。迪迦变回复合形态向两恐龙脚底地面发射光线，地面陷落了，两只恐龙掉了下去。两颗中子弹飞到了天上。
迪迦飞起来接住了中子弹，飞向了宇宙，将中子弹扔向了那伽人的宇宙船。然后迪迦发射哉佩利敖光线的时候，奈克瑟斯也发出必杀十字光线风暴。那伽人的宇宙船发生了爆炸，迪迦也因爆炸的冲击掉了下来。
在大楼的顶上，阿达姆：“说不定我们真的被骗了。”
这时，精疲力竭的大古降落在他们身后。大古：“我希望，你们能再跟人类好好谈谈好吗？我相信可以找出共同生存的方法。”
阿达姆向大古伸出了手——友谊之手，把大古拉了起来。
阿达姆：“谢谢你，大古队员还有传说中的巨人奈克瑟斯奥特曼。我们曾打算毁掉地球上的生物，所以我们没资格住在这里。”
伊舞：“我们恐龙人会重新寻找一个新的故乡。”
伊舞阿达姆：“再见了，迪迦奥特曼。谢谢你。”说完后他们消失在光芒里，乘坐他们的飞船回宇宙去了。
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