这天，一颗陨石从天而降，坠落在一片山区内。早晨，少女江崎千鹤正独自一人在山上走着，看着身边走过的一对亲密的父女，她陷入了沉思，虽然她的父亲被奈克瑟斯救下来了，可是由于工作原因她们父女在一起的时间并不多。
山林间，一团神秘的白雾正在树林间萦绕，一名类似科研人员的人正在白雾的追逐下仓皇逃窜。而在树林的地上，有几个一样打扮的科研人员已经遭到了白雾的袭击倒在地上不省人事。此时，江崎千鹤正好来到一条河边，大雾朝她迎面扑来，江崎千鹤发出一声凄厉的惨叫。
大古和堀井正驾驶着胜利飞燕二号在山间搜索。一个星期前有一颗陨石在附近坠落，紧接着在附近的宇宙观测中心便和外界失去了联系，他们此行的任务正是调查这两起事件。虽然正在执行任务，但大家的气氛都相当轻松，司令室的新城还不忘和堀井来了一波日常互怼。正当大家谈笑风生的时候，飞燕二号突然出现故障坠入了山林。
在飞燕号坠落的地方，弥漫着一团迷雾，在雾中，一个巨大的身影若隐若现，恐怖的气氛骤然上升。堀井从昏迷中醒来，发现大古已经在飞机外勘察周围的环境。经勘察后发现，这一带已经被强烈的电磁场包围，这也解释了为什么无法与宇宙观测中心取得联系。
强烈的电磁波导致电子设备无法运转，大古和堀井只能驾驶摩托车赶往宇宙观测中心，但在行进途中却迷失了方向。二人不得不再次停下来通过地图辨别方向，这时，堀井发现远处的山下有一个村子。
两人走到村子查看，但这个村子却处处透露着诡异的气息，各种迹象都表明这里不久前还有人在居住，但此时却一个人都没有。正当两人对眼前的情景百思不得其解时，片头的女孩江琦千鹤倒在了二人身后，两人马上抱起江琦千鹤，而江琦千鹤念叨了一句“雾来了”，之后便昏了过去。
另一边，宗方副指挥与丽娜在发现大古和堀井失联后，也赶往了那片山区，但也由于电磁波的关系无法与二人取得联系，甚至与驾驶胜利飞燕一号一同赶往现场的新城也和他们失联了，居间队长只能让二人继续待命。
在山中，大古和堀井将江琦千鹤安置在了村子的民房内，而屋外，白色的迷雾正在逼近。
江琦千鹤向二人讲述了自己的遭遇，在谈话中，堀井出言不逊激怒了江琦千鹤，于是两人发生了争吵，堀井忿忿地起身想要离开，却发现屋外已经站满了村民。
由于三人未经许可便占用了村民们的房子，堀井急忙走出屋外向村民们道歉，却发现村民的举止非常怪异，他们个个面如死灰犹如丧尸一般，脖子上还长着一团奇怪的东西。正当堀井感到奇怪的时候，村民们二话不说便举起手中的武器向堀井冲去。惊慌的堀井急忙撤回屋内关上了房门，村民们用手上的武器将房门凿开了一道道裂缝，在裂缝中，那团神秘的白雾渗透进屋内。
眼看着房门即将被攻破，堀井和大古只能带着千鹤逃入村子后的树林中。三人在丛林中惊慌地奔跑着，他们对眼前的敌人仍然一无所知。身后，寄生在村民脖子上的神秘生物成群结队地向三人袭来，大古和堀井为了保护千鹤，用胜利海帕枪不停地向神秘生物射击，但这些生物实在太多，两人无法应付，只能继续向森林深处逃去。
由于遭遇到了未知的危险，大古和堀井打算放弃前往宇宙观测中心的计划，等天亮后就下山寻找救援。但江琦千鹤却执意要前往宇宙观测中心，哪怕是一个人前往。
出于对江琦千鹤安全的考虑，天亮后大古和堀井还是带着江琦千鹤踏上了寻找宇宙观测中心的路。此时，迷雾再次袭来，在逃跑过程中，三人走散，大古独自驱车下山寻求救援，而堀井则带着江琦千鹤继续寻找宇宙观测中心。
在下山途中，大古被一条河流截断了去路，在掉头寻找新路时，大古不幸被神秘生物咬住了脖子，大古掉下摩托车坠入河中，迷雾企图趁机控制大古，却因为惧怕河水不得不退却。
另一边，堀井与千鹤无意发现了神秘陨石的位置，二人小心翼翼的向前查看后发现，原来陨石一直在吸取村民的生命能量，而那些神秘生物可以通过缠住人类的脖子来控制人类。二人全神贯注关注着陨石的动向，这时，迷雾再次找到了他们，二人只能继续逃窜。
在逃窜时，千鹤一禁心力交瘁，就在她无法再坚持时，堀井一把将她拉起鼓励她继续坚持下去。经过一番逃窜后，二人终于发现了山林中的宇宙观测中心。两人跑进观测中心避难，却发现大楼内也和村子一样空无一人，看来这里也和村子一样遭到过迷雾的袭击。
堀井这才想起询问千鹤的姓名，在千鹤说出自己姓名时，堀井恍然大悟，原来江琦千鹤正是之前吉普他三号宇航员，被奈克瑟斯救下来的江琦博士的女儿。
江琦千鹤在大厅内徘徊，边走边说起了自己曾经看过的一本小说，小说中也出现了与此时一样的情景：很多人被一团迷雾困在了超市中，他们已经与世隔绝，只能一个个在大雾中死去。当堀井问到小说最后的结局时，江琦千鹤却表示自己忘了，但她却表示似乎最后迎接他们的是灭亡。
这时，堀井非常自信地说，这个世界不会灭亡。江琦千鹤对堀井突如其来的自信感到疑惑，问道为什么，堀井斩钉截铁地说：因为有胜利队在，所以这个世界不会灭亡。
两人谈话的时候，迷雾攻入了大楼。两人再次开始逃亡，堀井不幸被寄生生物咬住了脖子。预感到自己即将被控制，为了不连累千鹤，堀井让千鹤自己逃走，不要管自己。但这次千鹤没有退却，她用堀井刚刚鼓励自己的话反过来鼓励堀井。在千鹤的鼓舞下，堀井重新振作起来，他奋力扯下了缠在脖子上的寄生物比将其击杀。然后，堀井开枪击中了楼道内的喷洒设施，寄生物被水淋到后纷纷落地枯萎。
这时，屋外传来了剧烈的震动，两人跑出屋外，看见原来是宗方和丽娜驾驶着地底皮帕坦克赶来增援了。为了彻底消灭迷雾，宗方和丽娜决定将陨石摧毁，这时，迷雾也集结成了自己的真面目——怪兽玛格尼亚。
皮帕坦克射出的光线被玛格尼亚的毒雾顶了回去，皮帕坦克陷入瘫痪，宗方和丽娜陷入了危险。丽娜在心中呼唤着大古，在河水中的大古感应到了丽娜的呼唤，顿时从昏迷中惊醒。苏醒后的大古变成迪迦赶去救援。
迪迦从远处飞来击倒了玛格尼亚，解除了皮帕坦克的危险，迪迦准备与玛格尼亚展开大战，这时，意想不到的事情发生了，陨石将从人类身上吸取到了能量注入玛格尼亚体内，玛格尼亚的力量瞬间增强，迪迦匆忙变成强力型应战。
在战斗过程中，玛格尼亚源源不断地从陨石吸收能量，并逐渐占得上风，即使迪迦变成强力型也被其压制。堀井意识到必须摧毁陨石才能中断玛格尼亚的能量来源，但此时手头上的装备却不足以破坏陨石。这时，救星再次赶到，新城驾驶着胜利飞燕一号赶来，新城果断发射导弹摧毁了陨石。玛格尼亚失去了能量来源，开始被迪迦压制，最终迪迦成功将其消灭。
胜利队的众人和千鹤走出了山林，这时千鹤想起了那本小说的结局，小说的最后，一对男女成功冲出了迷雾，走向了充满希望的未来。在经过了一番惊心动魄的历险后，堀井与千鹤间萌生出了爱意，在道别之际，千鹤亲吻了堀井的脸颊。这深情的一吻是在场的人猝不及防，新城被惊得呆若木鸡，他万万没想到平日了被自己百般嘲弄的堀井，居然先于自己收获了爱情。
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