此时世界上的人类基本上已经都去了地下，当然除了胜利队。太平洋的海底突然隆起的一个神秘的超古代遗迹，从那里出现的邪恶魔鸟怪兽佐加支配了整个天空，虽然迪迦奥特曼和丽娜一起把它消灭了，但是………更加可怕的黑暗，降临了。
大古打开PDI居间惠道：马上回基地，佐加侵袭日本了。
丽娜震惊道：怎么可能啊它不是刚死吗，蓝色闪电一次次打到海中，海上涌起浓雾，丽娜和大古驾驶白雪号回去丽娜问道：你觉得我们能赢吗？
大古没有回答。
丽娜道：如果，我们的命运注定最终要灭亡的话。
大古道：这是什么命运，我们一定要改变它，丽娜点头赞同了大古的话，在汹涌的海面上，有什么东西缓缓升起。
海底海豚号里的新城和崛井也受到晃动，新城道：啊—，到底发生什么了。
崛井道：那个大黑影是什么东西，总部，总部。
指挥室宗方呼唤道：海豚202号快回答，崛井，新城。
居间惠道：海底到底出了什么事，宗方摇了摇头。
野瑞道：佐加朝首都中心攻来了，朝首都飞来的佐加一路破坏了城市。
广播道：所有运输系统已经停止了，迅速到地下避难，迅速到地下避难，众人都在大喊着奔跑着逃难。
高楼被破坏众人慌乱的跑到地下，混乱中一个小孩站在原地看着被破坏的高楼道：迪迦奥特曼一定会收拾它的。
指挥室居间惠道：不仅仅是日本，世界其他地方吗？
野瑞通过计算机调动了各国情况，所有地方都如同日本一样黑雾遮日，一片火光佐加于天空中破坏，泽井总监道：怎么回事。
野瑞道：TPC美国支部的布鲁特队全军覆没了，一阵声音响起野瑞震惊到：天啊。
宗方问道：怎么了。
这不可能的，野瑞道。
居间惠问道：出了什么事。
野瑞道：有东西侵入我们基地了。
泽井总监道：你说什么。
基地外面白雪号丽娜道：大古你看基地。
大古道：“”黑雾。”
两个人回到总部。指挥室吉刚局长道：你说什么闯进来了，马上通知警卫局来处理。
野瑞道：可是没什么东西被破坏，安全防御系统也没有启动而且也没有质量的反应，不可能，实在太奇怪了。
林诺：“野瑞冷静一点。”
野瑞道：基地的地下有东西往上冲上来了。
大古走进来道：基地已经被黑雾封起来了。
泽井总监道：你说什么。
吉刚局长道：发生了什么事。
与此同时所有机器和电量都关闭，野瑞道：“不可能的，我不相信。”
宗方道：“野瑞千万不要慌。”
野瑞道：我现在切换到辅助系统，然后跑到后面的控制按钮一顿操作，指挥室内的电量恢复。
八尾博士道：F4机库出问题了，机库内警务局的人拿枪对黑雾进行攻击可惜没有丝毫作用，机库的职员在亚特迪斯号里边避难，把亚特迪斯号吊上飞行轨道。
丽娜道：明白，把F4机库的操作系统输到这边来。
野瑞道：好，然后到电脑前进行操作。
丽娜道：把亚特迪斯号吊到2号轨道。
居间惠道：联络下层部的警卫班。
野瑞道：这里是指挥室，第3区域请回答，第3区域！
宗方道：我自己过去，大古，林诺。
“明白。”三人一起离开了指挥室。”
至于正木敬吾，他现在虽然有了变成光的力量，但是现在还没到那个时候。
等三人赶到时，下层部第3区域的警卫班只剩下一人快要被吞噬，宗方控制按钮在门快要降下来时一个滑铲逃脱，宗方想要用门封住黑雾，但几人惊讶的发现黑雾竟慢慢渗出，宗方道：看来用物理的力量是没有办法阻挡它的，队长照这样下去的话我们的基地，几人暂时离开这。
吉刚局长道：难道要我们丢下这个基地逃命，绝对不行。
居间惠道：“现在不是说这个的时候，总监请您下令。”
泽井总监道：“人命第一，让所有职员到亚特迪斯号去避难，这是命令。”
野瑞道：“是。”
吉刚局长道：“警卫局留下来，我绝不会把基地让出去的。”
林诺道：“难道还不明白吗，这种怪异的天气。你就算让他们是留下来，也只能白白送死。黑雾只是个开始，这次的危机………可没有这么简单。”
基地成员转移到亚特迪斯号，外面一副世界末日的景像。人类在地下室避难，有不少人想冲出去被警卫拦住。知树道：“电子邮件也不通了。”
指挥室居间惠后知后觉想起了自己儿子道：“知树。”
宗方回到指挥室：“总监，赶快撤退吧。”
丽娜：亚特迪斯号已经进入轨道，基地内的避难工作也已基本完成。
八尾博士道：“赶快启动麦格斯动力系统，太晚就启动不了了。”
吉冈局长道：“这个基地我投入了这么多心血，虽然它不会动我要留到最后。”
泽井总监道：“胡说什么，奋斗的前提条件是你必须活着。”
在海豚号的新城还在不停呼唤总部，掘井道：“你这个人真不死心，我不是跟你说过了那团黑雾把无线电信号全遮断了。”
新城：“你倒是耐得住性子，要知道我们现在无法跟外界联系，也无法浮上去。”
掘井：“火气不要那么大嘛。”
新城问：为什么。
掘井道：“氧气就要用光了，我也开始讨厌大海了，崛井看向旁边和千鹤的婚纱照，在一阵晃动过后掘井道：“新城。”
新城：“怎么了？”
掘井：“这家伙终于开始行动了。”
最终敌人终于浮出海面露出它的真面目，指挥室野瑞道：太平洋上出现怪兽。
众人看着屏幕上的巨大怪兽，居间惠道：这就是黑暗的支配者，它要把整个世界吞没在黑暗之中。
大古道：“这个家伙，就是它放出的黑雾。”这时指挥室终于受到黑雾侵蚀，所有按钮和电脑都闪着火花不能再用了。
正木敬吾：这就是超古代毁灭的真凶吗？好强的压迫感。
道：是啊，它就是超古代邪神加坦杰厄。
居间惠道：“我以胜利队队长的身份下令，所有队员立刻登上亚特迪斯号。”
黑雾越来越多，但大古林诺和正木敬吾却没打算离开，丽娜喊道：大古。
居间惠道：“大古队员，还有林顾问和正木先生，你们……”
“你们怎么了？”众人对大古他们一动不动的样子感到奇怪。
大古道：“我们……这件事总要有人去做的。”
丽娜很清楚的身份，知道大古想做什么。“不行！”
“大古，我们可从来没打算自己离开，对吧？”林诺看向身边的正木敬吾。
“是啊！我们也是人类，怎么能自己离开呢？一起去吧。”
“你们先走吧。”居间惠让泽井和宗方先离开。
泽井总监当然已经知道了大概，他知道林诺是奈克瑟斯，那么迪迦多半是大古，至于正木敬吾，谁知道呢？
泽井总监道：好吧，我们走。泽井跟宗方就先离开了。
居间惠道：“当我第一次看到奥特战士的时候我还以为我遇到了上帝，觉得他可以把人类导向正途，但事实好像不是后来我才了解到，奥特战士既是光也是人类。”
丽娜喊道：队长。
居间惠道：“所以你们没有义务去面对一个根本赢不了的敌人，你们应该听懂了吧。”
大古听到居间惠队长的话时眼神慌乱一阵，面对最后的问题大古只是缓缓转过身道：“根本赢不了我听不懂。”
“队长，我们胜利队这么长时间无数次的战斗都过来了，在没试过之前，我可不会轻言放弃。”林诺说。
居间笑着继续道：是啊从什么时候起，我也变得不再相信命运了，一定要赢啊！以人类的身份。
之后居间惠拉着丽娜离开，丽娜喊道：“大古。”
大古：“丽娜，把大家从基地救出去是你的工作。”然后掏出神光棒。
林诺：“放心吧！丽娜，我们会跟大古一起并肩作战，一定会没事的。对了，如果我回不来的话，记得告诉真由美，就说对不起，我还是食言了。”说着也拿出了进化信赖者。
“一定要赢啊，迪迦奥特曼，奈克瑟斯奥特曼。”居间惠拽着丽娜离开了。
丽娜喊道：“大古！”
黑雾中大古和正木敬吾变身。林诺则是用奥特之星跟初代联系。之后奥特之星化成初代奥特曼出现在太平洋上。
“亚特迪斯号上众人在努力启动麦克斯动力系统，野瑞赶紧把麦格斯动力系统的动力充满。”八尾博士喊了一声野瑞。
野瑞跑到主驾驶位打开麦格斯动力系统的充能开关开始充能。
大家都没事吧，泽井总监走进驾驶舱问道。
“现在连仓库都挤满了TPC队员。”吉冈局长道。
八尾博士道：“这就像圣经里的诺亚方舟。”
黑雾已经逼近二号轨道了，野瑞焦急道。
“对不起我来晚了。”这个时候居间惠带着丽娜来到驾驶舱。
“丽娜，掌握操纵杆是你的工作。”宗方看着丽娜说。
“明白”丽娜立刻坐到主驾驶位上。
充电达临界点97%，还有10秒钟，野瑞道。
丽娜操纵操纵杆准备起飞道：“原来队长也知道了。”
居间惠道：“我相信力量，不仅是迪迦他们的力量，丽娜，我们也要相信我们自己的力量。”
“”麦格斯动力系统充能完毕。”充能刚一完成野瑞道。
亚特迪斯号，开始出动。丽娜推动动力推杆，亚特迪斯号驶出基地。
看着紧盯着前方眼睛有些泛红的吉冈局长，泽井总监走过去还没说话呢，吉刚局长道：“不必要的话你就不要跟我说了，泽井。”
居间惠道：“总监亚特迪斯号到安全地方让我下去，我要去救海豚号的队员。”
泽井感叹道：“谢谢你，这么多年来辛我对你提出了太多的要求。”
居间惠道：“当时答应接管胜利队时就做好思想准备了。”
迪迦和初代以及奈克瑟斯和盖影来到加坦杰厄前面对它发动攻击。
“很好就是这样，你真的很厉害。”八尾博士称赞丽娜道。
野瑞道：“成功了地上波的模拟通信系统还可以通，我现在把图像输进来。”
宗方道：“迪迦，奈克瑟斯，还有两个新的奥特曼，那个是之前出现的邪恶迪迦？”
屏幕上怪兽和四个奥特曼对峙，丽娜看着屏幕。
地下众人关注四奥与怪兽的战斗
“没用的根本赢不了它。”有人说。
迪迦和奈克瑟斯之前弄断了触手，但是又被新的触手缠住脖子，迪迦变为强力型徒手掰断缠住他脖子的那根触手，奈克瑟斯变成红色青年用光剑切断触手，迪迦冲上前继续攻击怪兽依旧没有用，海里一个钳子想偷袭被初代攻击阻拦下来，二人掉落到海里后又继续站起用迪拉休姆光流和层叠风暴光线初代和盖影也一起放出了必杀攻击加坦杰厄。
宗方道：“成功了！“但是很可惜，并没有。
四人的光线攻击依旧没有用，林诺感觉这个家伙实在是太难打了。
迪迦三人胸前能量指示灯闪着灯刚刚那招几乎消耗了三人全部力量，他们只好使用拳脚攻击怪兽触手钳子和黑雾多重攻击下，三人胸前的灯闪得越来越快怪兽释放出紫色光线穿透迪迦的身体，初代把自己的能量分给了盖影和奈克瑟斯，自己也化成了一座石像倒在太平洋里。
亚特迪斯号的丽娜不可置信的看着眼前这幕喊道：“大古”因为丽娜的突然出声大家都错愕的看着屏幕。
居间惠道：“不会输的，迪迦和奈克瑟斯他们不会输的。”
野瑞道：“原来大古就是迪迦。那林顾问难道就是？”
宗方道：“就是奈克瑟斯对吧？”
迪迦保持着想攻击的姿势，石化从他手部开始，迪迦维持着攻击的姿态石化，加坦杰厄用触手将迪迦推入深海里。
“大古！”丽娜带着哭腔更加大声的又喊了一次他名字，石化的迪迦缓缓存入到大海的底部。
四个奥特曼都打不过一个加坦杰厄，现在只剩下奈克瑟斯和盖影了。这一刻林诺心里真的有点累了。
“诺亚，我可能坚持不住了，倒是辜负了你的信任，连一个皮糙肉厚大海螺都打不过，可是倒在这里还真是不甘心呐。”
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