21世纪初期，仇恨和争斗逐渐的减少了，大自然正慢慢地恢复它美丽的面貌，这个星球上所有生物的愿望——和平，似乎终于逐渐降临了。殊不知，正在此时大变动开始。
TPC地球和平联合组织，是一个国性联合组织，他的目的是保护人类免遭怪现象和自然灾害的侵扰，该组织在世界各地都设有支部以及研究中心，还设有月球表面基地及宇宙探测站，而统领这些支部，宇宙站的就是位于日本的远东总部基地。胜利队是地球和平联合联合组织中由8名专员组成的特别行动小组，负责调查异常现象是他们的首要任务。
这天夜晚，一块陨石从天而降，坠落到地面上，位于远东地区的TPC总部命其下属的胜利队去调查这块陨石。
新城：“这就是那颗陨石啊？”丽娜：“里面好像包着什么东西”此时所有人都严阵以待的观察着。
只见一个女博士和她的助手把机器摆好后，来到这个陨石面前，一阵激光切割之后博士的出了一个结论：“这不是天然陨石，而是人为制造的。”
众人都纷纷不解，于是来到它的面前，将陨石的外壳掰开。露出了里边圆锥形机器样式的一个东西。
丽娜非常好奇，想要摸一下“不能碰！”堀井立马上前阻止，可丽娜好像已经摸到了什么按钮，整个屋子变暗了起来，这可是胜利队没有出现过的事故啊
“怎么了？”在众人都疑惑不解的时候，机器突然发出了亮光，一个小窗口打开了，露出了里面红色的灯，一个大概50厘米左右虚拟投影人慢慢转过身来，她有银白色的头发，好像因为过度操劳而沧桑的面孔。
“多精巧啊”投影仪里的人物一出现，女博士就感叹道。堀井感觉她好像在说些什么，于是立马拿出了翻译机“说不定用声音翻译机可以翻译出来”“野瑞！”。
野瑞立马将电脑连到翻译机的线路上。而掘井也在上面按着什么。在两人一顿操作之后。屏幕上下面的直线和上面的波状线重合了。又一阵解析之后旁边的窗口上出现了文字。
而投影仪里说的话也被人们所听到：“各位我是地球警备团的团长幽怜，这个时光机到达地球就意味着地球将相继发生很多巨变，最初的征兆是指是让大地动摇的怪兽哥尔赞，和使天空崩裂的怪兽美尔巴出现”
大古：“怪兽哥尔赞！在蒙古出现的怪兽就是哥尔赞！！！”这时幽怜又说道：“能使地球免受异变之灾的只有金字塔里的巨人，那巨人是地球曾经的保护神，他把用来战斗的身体隐藏在巨大的金字塔内，然后还原成原来的光的形态，回到自己的故乡了。
投影仪关闭之后，屋子里的光线又恢复了。居间慧感到很是不解“坚村博士，你觉得呢？”。坚村博士：“这时光机器是以太阳系的彗星为模型的，这好像太离谱了”
而大古却反驳：“这是真的！他说怪兽哥尔赞会出现不是出现了吗？”宗方反驳道：那不见得就是怪兽哥尔赞。”“美尔巴也会出现的”大古继续坚持道。而坚村却说到：“大古队员，如果你认为这个时光机器说的是对的，那么就意味着你承认曾经有比我们更高明的科学文明存在”
大古也不知道该说什么了，该反驳吗？可是貌似没有证据，用他那不怎么会说话的嘴巴和不是很聪明的脑袋，怎么可能会搜查出那些东西来。
掘井感觉眼前一亮。而坚村博士则想要表示反对说道：“如果你说的是错的怎么办？”“错的就是错的了，那还能怎么办？”“可你这是对人类不正确言论！”
堀井和坚村一起去研究那个陨石的包围层了，而大家也在看地球大陆漂移假说的视频。
“kingen”一阵机器的声音响起。掘井和坚村博士走了进来，不同于坚村博士的低头丧气，掘井显得特别兴高采烈。
“我分析了覆盖时光机器外的陨石层的放射性元素，他是在公元25万世纪到第38万世纪的地层形成的”“大约是3000万年前新生代第3纪渐新世，总而言之是人类出现在地球很久很久以前的事了”掘井看大家还是不解，于是又在后面补充到。丽娜“天哪”
这时电脑的屏幕响起了声音。一个外国金发的男性说道：“伊斯坦岛（复活节岛）出现了一只怪兽，现在把卫星拍摄影像输入上去。”
一座山石崩裂之后一头很像翼龙的怪兽，在月球的背景下嘶吼起来，就连底下的复活节石像都显得十分渺小。
大古赶忙说道“是美尔巴！是使天空崩裂的怪兽美尔巴。”宗方虽然看到了事实，但还是感到很不解。
“为什么怪兽会在现在？”而居间会显得有一丝慌张并且更是疑惑的问道。大古则说道：“地球在发生异变，幽怜说的没有错，哥尔赞出现了！美尔巴也出现了！，剩下的就是金字塔内的巨人。”
居间慧很是慌张，于是问道：“金字塔内的巨人？祂在什么地方呢？？？”这一点大古说不出来，只好摇摇头。而我们的野瑞来了一波神助攻：“能找到金字塔的！马上能找到～”。獚
这时TPC的屏幕上的大陆版块开始移动起来，来到了日本的某个地方。“在日本吗！”新城显得十分高兴，怪兽已经出现了，在日本的话就不用往很远的地方跑了。
根据对古代语言的解析，推测出金字塔可能在日本东北部的某个地方，于是为了寻找那个隐藏着巨人的金字塔。宗方副队长率领掘井，丽娜，新城，大古，致尚等队员，驾驶着三架胜利飞燕号出发了。
在飞机上掘井抱怨道：“真是的，这种地方怎么可能有金字塔啊？”5名队员下了飞机后在地面搜索，而宗方副队长则联通他们的微型摄像机在胜利飞燕二号内监察：“大家注意密切联系，谨慎行动”
“总部呼叫2号机，总部呼叫2号机”“我是宗方”“怪兽美尔巴已经提前开始行动了”大家都在各自搜寻着。而掘井还十分不小心的滑了一跤。
走在吊桥上的大古，听见若有若无的呼唤声“大古～”“大古～”“大古～”.“大古～”
这时掘井抱怨道：“这种地方怎么可能有金字塔呢，藏着巨人的金字塔卫星怎么会拍不到呢？”仿佛为了打堀井的脸，金字塔立马显现了出来。
不过堀井没有看到。丽娜就把他的头转向那边。“诶诶诶，干什么啊，我说你……”把头转向那边的掘井，感觉到非常的震惊，一个发着光的金字塔出现在面前。
而这时众人也发现了大古。大古想要跑过去，可是美尔巴出现了“大家快回来，美尔巴到了”而大古也注意到了远处的美尔巴“可是巨人呢？，让巨人复苏的方法呢？”
“时光机器还在解读。”宗方只能给他一个无奈的答案，虽然大家都没有见到巨人，但是金字塔已经出现了，那个时光机预言的又都是正确的，大古则是更加深信不疑，他感觉金字塔内部有什么在召唤自己。
而这时哥尔赞出现在秋田市的东北方，美尔巴到来之后，立马就把金字塔给摧毁了，露出了里面的三座石像，大家也都坐上了飞机，而大古自己坐在一架内。
通讯器里传来了宗方的声音：“大古，你是对的”就在大家准备撤退的时候，胜利飞燕1号却面向美尔巴，此时美尔巴已经将阿基雷斯的石像摧毁了，大古想要保护这些石像，发射了烟雾弹。“住手啊，快住手”大古拼命的吼道，而此时迪迦的石像已经被扳倒。
“新城，不能让怪兽把石像打坏，我们也学大古发烟雾弹，吓吓他”“好，不能让他把石像摧毁”新城显然也有这个想法，于是立马发射烟雾弹，而坐在胜利飞坐在胜利飞燕2号的宗方发现他们的办法根本没用。
新城：“可恶，没用也要试试啊，难道就这么让他们把石像摧毁吗？”就在大古机想要绕后的时候，美尔巴眼中发射出激光将大古机打下，大古想要按跳伞，可是没有用。“大古快跳伞，快。”宗方喊到。
大古：“出故障了”，“大古”，“大古～”，“大古！！！”新城大喊道，而众人都为大古的牺牲而不甘。
在拼命拉弹射装置的大古，则被一道光包围飞入了巨人的石像内。美尔巴没有管地上的迪迦，直接一爪将赫崂拍倒，并踩在他的胸口上，而正准备摧毁迪迦时发现迪迦站了起来。
丽娜：“巨人？巨人复苏了”
新城：“可是，怎么复苏的啊？”
大古的战斗机即将坠落，就在千钧一发之际，大古突然变成一道光融入到巨人的石像内，得到了大古生命的巨人，终于从长眠中苏醒了过来。但他到底是怎么复苏的？除了看到大古熬成汤的林诺没有人知道。
在大古变成光进入迪迦石像里那一刻，林诺借助石之翼刚好来到了现场。
林诺手里的进化信赖者似乎也感受到了此时林诺跃跃欲动的心，开始闪烁光芒。林诺收起能源爆破枪之后，看着正在一打二的迪迦奥特曼，他拔出进化信赖者然后大声喊出：“奈克瑟斯！”下一秒，一个新的光之巨人出现在战场上。