小泉通过自己的能力收掉娜娜兽和卡马拉兽，友树通过考验正视自己内心最真实的想法，击败阿修罗兽，辉二战胜乌鸦天狗兽，意识到自己其实是可以接受继母对自己的爱，暗黑兽冲破魔蛋兽的屏障找辉二寻仇，就在辉二危急关头，究极天使兽的数码蛋给与了辉二力量，让其成功触发双魂，进化为战狼兽和暗黑兽打得难分胜负。
拓也在冰雪世界面对冰狮子兽用火神兽艰难取胜，在最后面对银镜兽和究极天使兽的时候不敌，危急关头场景重现，进化成火龙兽打败究极天使兽，究极天使兽的数据回到数码蛋内，数码蛋爆开，直接三段进化为巴达兽。
银镜兽在镜子世界叫嚣火龙兽，只要有镜子在这里，它随时都可以躲开火龙兽攻击，谁知道火龙兽一个火龙霹雳弹把镜子世界摧毁了，然后一拳贯穿银镜兽的身体，收掉了它的战魂，随即离开魔蛋兽体内，回到同伴们的身边。
魔蛋兽重新上线准备对付主角众人，瑞文打开手机播放bgm开启固有结界，把魔蛋兽强制固定在那里，然后一剑将它秒掉收走兽形战魂，成功进阶，从剑王兽变为究极体的剑皇兽。
战狼兽经过多番努力终于成功打败了暗黑兽和黑鹰兽，让辉一恢复理智，和瑞文等人汇合。
众人汇合后往基路比兽的所在地前进，中途基路比兽的幻象出现，轻松击败了双魂的火龙兽和战狼兽，把瑞文困在原地无法行动，危急关头辉一拿出数码暴龙机，进化为黑狮兽和凯撒狮子兽，打掉了基路比兽的幻象，众人才发现原来打败的不是它的本体。
众人打到了城堡内，纯平、小泉和友树也成功触发了双魂进化，进化成古代十斗士的古代甲虫兽、古代彩虹兽和古代大懒兽，最后六个究极体加神圣天女兽一起围攻基路比兽，辉一有点尴尬，此时自己无法参与究极体之间的战斗，被神圣天女兽发现，给予力量触发双魂进化为古代帝狮兽。在七对一的压倒性优势下，顺利击败基路比兽。
就在大家都松一口气的时候，不属于这个世界的皇家骑士君主兽和领主骑士兽出现，声称自己受到六翅兽的委托，前来处理主角团一行人。
瑞文尝试用奥米茄兽、红莲骑士兽和金甲龙兽的名头进行沟通，没想到皇家骑士团全员恶人，根本不理会，随即开始战斗。
大家虽然同为究极体，只不过实力还是有差距，君主兽和领主骑士兽用自己丰富的战斗技巧战胜了主角团，神圣天女兽见事不对，就用自己最后的力量帮拓也和辉二的暴龙机进行升级，让他们开始远古魂武装，进化成为凯撒暴龙兽和凯撒加鲁鲁。
虽然凯撒暴龙兽和凯撒加鲁鲁有足以匹敌君主兽和领主骑士兽的能力，只不过两人根本无法驾驭这种力量，还是被打败了。
结果瑞文交了自己最后的底牌，那种无力抵抗的力量把君主兽和领主骑士兽吓退了。它们两个过了没多久之后发现自己大意了，那种力量持续时间不长，只要撑下去对面全部都要死。
当君主兽和领主骑士兽再次来袭时，众人开始变身对敌，拓也和辉二通过和君主兽领主骑士兽两位皇家骑士的战斗，逐渐掌握凯撒暴龙兽和凯撒加鲁鲁的力量，开始撑住对面两位皇家骑士的攻击，瑞文化身剑皇兽使出所有力量，在数码世界开了一个不稳定的裂缝，众人合力成功把两位皇家骑士送入裂缝后，两位皇家骑士再也没有办法回到众人所在的数码世界，危机被成功解除了。
六翅兽因为没有得到数码世界的所有数据，根本没办法从封印中离开，而其他数码精灵完全没有能力击败实力雄厚的凯撒暴龙兽和凯撒加鲁鲁，只能看着被选上的孩子解放整个数码世界。
数码世界被和平解放后，众人得到三大天使的力量，准备回到现实世界救回昏迷状态下的辉一，当众人回到现实世界后，三大天使的力量让辉一从心脏不再跳动的状态下回复心跳，获得了新生，这个时候瑞文也完成了自己的任务，虽然这个方式有些奇怪，最后拿到了重塑和删除的能力。