趁着恩雅文明处理内患的时候，玛尔文明已经控制了恩雅文明发现的十二颗有人类星球。玛尔文明以神的姿态出现在这些星球上，并且宣扬恩雅邪恶论。
处理完内患的恩雅文明发现自己已经被玛尔文明的新势力殖民星球包围了，距离恩雅文明母星较近的有人类星球都开始了全民涅槃，而这些星球所使用的神体无一例外，全部带有恶魔粒子，好在这些星球文明程度较低，人口基数不大，其中人口最多的也只有不足一亿人口。
文明战争爆发，玛尔文明看中恩雅文明的航天科技实力，想以人海战术压垮恩雅文明，以窃取恩雅文明的科技成果。但玛尔文明小看了恩雅文明的战斗力，恩雅文明从来不主动挑起战争，但这不代表恩雅文明武力弱，因为神体战士数量上的差距，恩雅文明不得已启用了尘封已久的大规模杀伤性武器。包括玛尔星球在内的十三颗星球在战争中变成了一片废墟，玛尔文明残部不知所踪。而恩雅文明也在这一战中损失惨重。
为防止玛尔文明死灰复燃，恩雅文明展开了星网计划，恩雅文明生产了大量生命探测卫星，用于寻找生命行星，并对其进行监控，防止玛尔文明增兵。
于此同时恩雅文明也开始了休养生息。恩雅议会通过了建立恩雅星圈的议案，自此恩雅文明开始了大规模的星球移民，而移民的目标便是曾经由玛尔文明掌控的十三颗宜居星球。加上恩雅文明母星，共计十四颗宜居星球组成了新的恩雅人民栖居地。并以恩雅母星为中心，创建了范围达到半径一千光年的恩雅星圈。经过近三千年的努力，恩雅星圈初具规模，大量的星球被改造，区域内所有虫洞均有舰队守卫。
在这三千年里，恩雅文明没有在仙女座星系发现玛尔文明的足迹，恩雅文明内部甚至开始有人猜测玛尔文明可能在宇宙中发生了意外。直到有一天，铺天盖地的玛尔文明战舰出现在了恩雅星圈的外围。许多恩雅文明没有见过的战舰种类出现在了玛尔文明的舰队中。
战争再一次爆发了，经过了三十多年的战斗，玛尔文明最终没能攻破恩雅星圈。玛尔文明见识到了恩雅星圈的强大防御力，开始改变策略，以占领仙女座星系的其他有生命星球为主。恩雅文明自然也不会任由玛尔文明发展，于是恩雅文明开始了反击。
自从当初接触玛尔文明造成恶果之后，恩雅文明没有再干涉过其他星球的文明进程，恩雅文明的大部分精力都放在了恩雅星圈的建立上。
玛尔文明卷土重来，在形势的逼迫下，恩雅文明不得不开始全面干涉其他星球的文明进程。
恩雅文明开始对仙女座星系其他生命星球进行援助。宣传恶魔粒子的危害，传播恶魔粒子的排斥物质，援助神体。
整个仙女座星系有着超过一万亿颗的恒星，其中百分之六十以上都有卫星（恒星的卫星就是行星，地球就是太阳的卫星），由于行星不发光，所以即使是恩雅文明也不清楚仙女系星座到底有多少颗行星，又有多少颗行星上拥有生命。在庞大的基数面前，恩雅文明援助的神体数量注定无法满足星系内的所有人，矛盾不可避免，再加上玛尔文明也在提供神体，虽然玛尔文明的神体有恶魔粒子存在，但在长生不老的诱惑面前，还是有很多人选择了投靠玛尔文明。整个仙女座星系都陷入了战争。由于战争形势的复杂化，神体成为了战争的主力，宇宙战舰反而难以发挥作用。神体发展竞赛越演越烈。
恩雅文明并没有科幻片中所谓的曲速引擎，恩雅文明最快的宇宙飞船可以达到二分之一光速，但宇宙中有着大量虫洞存在，恩雅文明绘制了庞大的宇宙虫洞地图，这些虫洞并没有什么规律，体积有大有小，虫洞两端跨越的距离也有远有近，就是这些毫无规律的虫洞组成了无比复杂的星系高速公路，但也只限于仙女座星系内。
战争一直在持续，可奇怪的是恩雅文明无论如何也找不到玛尔文明的基地在哪。
由于恩雅文明从来没有发现过连通仙女座星系外的虫洞，所以恩雅文明高层也从来没有想过敌人的总部可能不在仙女座星系内。
直到有一天，有人发现了仙女座星系和三角星系中间氢桥的成因。
在两个星系中间有着一条长达78.2万光年的氢桥，为什么这些氢原子会拉成一个长条存在于两个星系间？这个问题一直困扰着恩雅文明。
氢桥成因的发现源于一次意外，有艘舰队在仙女座星系外围发现了一个虫洞，位置在氢桥的延长线上，驶入后发现自己出现在了氢桥内距离仙女系星座十万光年左右的位置，再往前行进，又发现了一个虫洞，经过多个虫洞，竟然来到了三角星系的边缘。
这只舰队的舰长认为玛尔文明的基地很可能在三角星系内，甚至整个三角星系可能都在玛尔文明的掌控之中，舰长决定舰队立即返航，在返航过程中舰队尝试了进入不同虫洞，结果发现只要一直朝着一个方向前进，就能抵达前方目标星系。
氢桥内舰队经过的所有虫洞几乎成一条直线，而氢桥内的氢原子也是通过这些虫洞溢散出来的，因为虫洞是一条直线，所以形成了一条氢桥。氢桥的形成之谜解开了，但这一排虫洞是从哪里来的又成了一个新的谜题。
恩雅文明得知了氢桥内的虫洞链后，立即组织了舰队远征三角星系，两个星系之间的战争正式拉开序幕。
第一批前往三角星系的舰队损失惨重，进入三角星系的虫洞入口有着严密的防守，由于虫洞体积原因，所以易守难攻。
在恩雅文明舰队撤退的过程中，三角星系派出了追兵，经过了一番追逐战。在追逐战中，恩雅文明被打散了，战舰分别进入了不同的虫洞，其中有一艘战舰几经周转，不知怎么就来到了氢桥的中间区域，在这里有一个明显比其他氢桥虫洞小很多的虫洞存在，战舰驶入后发现自己离开了氢桥，眼前出现了一片星空，开始战舰驾驶以为自己回到了仙女座星系，可观察后发现不对，正在这时玛尔文明的一艘战舰追了过来，双方相遇后并没有交战，而是不约而同的往来时的虫洞驶去，他们此刻的想法是必须尽快汇报自己的发现。
后来大家才知道，氢桥中间这个虫洞的另一端就是银河系！