意外得知阿敏、孔有德与洪承畴的事，朱慈烺的事，得知孔家似乎给了后金残兵许多粮草，还拿了阿敏给的金银宝货。
本来孔家就有取死之道，加上这两条罪名，诛九族都算从轻发落。
留下李过、李岩，完成北直隶和山西的均田扫尾工作，朱存枫率军进入山东，首先整顿山东各地的军户卫所，将一部分军户转为衙（警）役（察），一部分转为农民，如果他们愿意，可以去辽东开荒，还有一部分吸纳为真正的军人，海军。
来到登莱，朱存枫意外发现这里有上千艘战船，听当地老人说，袁可立还在任的时候，打造战船近五千艘，组建了一支五万人的海军陆战队，毛文龙、辽军等都有大量出身这支部队的。还策反过努尔哈赤的女婿刘爱塔，原历史线满清建立后彻底销毁、封锁了袁可立的一切资料，可见满清对他的痛恨。
可惜这样一个实干家、主战派，因朝廷党争心灰意冷，告老还乡。朱存枫登基后，给袁可立送去好些书信与慰问品，还让与他共事过的毕自严一并写信劝说，希望他重新出山，当个军校教官，参与编撰军事教材。
刚开始袁可立并不在意，一一回绝，直到他听说朱存枫真的平辽，才愿意北上京师看看。
华夏走出国门，走向世界是必然的，海军就很重要。一路走来，朱存枫一直注意这件事，可惜手下全是旱鸭子，有物资都没办法。登莱水师，袁可立留下的这份遗产就非常重要。
朱存枫本打算待在登莱，就近收拾登莱水师，打好海军基础，工作千头万绪还没开展，就被告知孔家之事。
有人找死，朱存枫不介意送他一程。留下陆文昭和丁白缨，暂时收拢水师。袁可立练兵用的是戚继光“水军先习陆战”的兵法，夫妻两人虽然都没有学全戚继光兵法（两人都看过朱存枫给他们的纪效新书和练兵实纪），至少熟悉。
不知道为什么引来了“谋权篡位”的朱存枫，孔胤植不敢怠慢，亲自出迎，结果朱存枫并不领情，直接把人抓了，还带兵将孔府包围，要不是有一群学子挡着，直接就杀进去了。
“陛下，衍圣公所犯何事，为何抓人？”洪承畴还没有正式扯旗对抗，全国各地基本认可朱存枫这个皇帝，也不敢不认可。
“勾结外族，残害本族百姓，够不够？”
“这岂非无中生有！”
“孔胤植，你自己说。”
“陛下，臣冤枉啊！”
“朕这里有一副对联，你们品鉴一二。上联：昨降元蒙，今通后金，何足道哉。方明白：善劝进家有余庆。下联：孔曰成仁，孟曰取义，全都忘了。只记得：识时务者为俊杰。横批：世修降表。”
听完朱存枫的话，所有人都愣住了，孔胤植被气得满脸紫红，喝道：“陛下为万民表率，岂能辱没孔子！”
“不要乱扣帽子，朕没有辱没孔子，是你们孔家辱没孔子。朕辱的是你，是你们这群孔子不孝子孙。”朱存枫说着拿出两张画像，一张是留着蒙古辫的孔子画，一张是留着金钱鼠尾的孔子画，“孔子是好的，孔子学问是好的，就是你们这帮不孝子孙，将孔子弄得这般人不像人鬼不像鬼。”
“陛下，不可啊！”
这两幅画一出来，仿佛杀了在场所有学子的亲爹，当即跪倒一片，还有人试图冲击包围他们的军士。
“谁敢乱动，以谋逆罪杀无赦！”朱存枫声音不响，威慑力十足，一众学子不敢再胡来，只是跪下祈求。
“陛下，我孔府衍圣公位乃太祖所立，陛下既遵太祖之命登基，岂能不遵太祖？”
“你也配谈太祖？”并不理会孔胤植，朱存枫对一众学子说道，“朕给你们两个选择，要么你们离开，朕杀了孔家，你们依旧有机会考科举。要么朕就把这两张画像做成雕塑，立在孔庙门口，让全国百姓看看，孔家子孙把孔子弄成怎样的妖魔鬼怪。至于你们？与孔家勾结、官员勾结，图谋不轨！”
“请陛下开恩啊！”
“孔子是孔子，孔家是孔家，朕来这里就是为了救孔子，不该让孔子继续待在孔家这样的腌臜之地。”朱存枫说道，“我华夏民族，我煌煌大明，不该出、不能出、也不能让孔家这样的汉奸家族继续流传于世。今天你们离开，朕既往不咎，不离开，杀无赦！”
草莽出身的王二，才不会管孔子怎么样，得到朱存枫授意后，站出来喊道：“给尔等一炷香的时间，时间一到，没有离开的一律杀无赦！”
孔府上下没想到朱存枫居然如此不管不顾，不在乎后果，一时间如丧考妣，哭喊声响彻天地，与之相对的是震耳欲聋的欢呼声。
“为民做主，陛下圣明！”
孔府有多辉煌，曲阜百姓就有多悲惨，要么跪下当狗，要么掉头当鬼，是曲阜普通百姓的真实写照。
孔胤植以为朱存枫不敢胡来，是把朱存枫当成了普通的封建皇帝，甚至还不如正规继承皇位的皇帝，需要拉拢各方为自己的正统性站台。
然而朱存枫不走寻常路，他的基本盘来自广大普通百姓，那些分了田，不用交税的普通百姓。孔家这样的大地主才是朱存枫的敌人，坚决消灭的对象。
说是藩王造反登基，实际上和农民起义军造反登基一样，可惜孔家等地主这一次没有外族勾结了。所以朱存枫才要优先解决辽东，否则某些人开关放后金入关，号召团结后金为崇祯报仇，本质是地主勾结外族弹压农民起义的这种恶心人的事又会上演。
孔胤植死不瞑目，孔府上下死不瞑目，他们的怨恨传到京师，连个屁都没放出来。
朱存枫有兵有粮，反对势力如一盘散沙，谁都不是傻子，不会为了别人家干注定会失败，注定会灭族的事。
至于衍圣公府被灭，也有替代方案，北宗不行那就南宗，孔家又不是没有人了，既然朱存枫不喜欢北宗，那就换南宗人来。
孔家南宗也十分知趣，当即向朱存枫上书，表态支持朱存枫惩戒勾结外族的北宗，并对朱存枫一通歌功颂德。其他官员则适时上书，请求朱存枫让南宗继承衍圣公爵位。
这种内政相关的事，本来应该内阁处理，但谁都不敢胡来，只能面请圣裁。
此时的内阁还在适应自己的身份，更需要朱存枫的支持，独立处理朝政说说而已，大事依然由朱存枫决断。