美丽的巫女是一位炼金天才，她爱上了少年，愿意尽其所能，帮助少年实现他的愿望。她登上了少年的船，和少年一起踏遍橘子群岛的每一处海域，不断收集橘子群岛的水文、气候资料，然后想办法，试图通过大型阵法，来调和这些纷乱的海流。
不过，无论怎样努力，巫女总觉得，关键的某个部分水文，他们一直没有测量到。
这时候，他们遇到了被人类袭击，从圆珠市的大火中逃出来的温和之龙洛奇亚。并救了重伤的它。洛奇亚伤愈之后，为了偿还他们的恩情，决定帮助他们测量深海的海流。巫女和青年多年的努力，终于取得了突破性的进展。虽然这已经是两人相遇的十年之后了。
知晓了深海海流的水文之后，巫女彻底明白了，为什么橘子群岛的气候这样恶劣了。原来，所谓的深海海流，其实是由属性力构成的通道。它就像大陆的地脉一样，是神奇宝贝星球的脉搏。每一条海流，都流动着高密度的属性力，都蕴含着毁天灭地般的威能。
因为深海海流的影响，橘子群岛才会变成现在这个样子。
巫女和青年，最终选择了亚西亚和它旁边的三座岛屿成为了巨型阵法的所在地，并开始了布置。
两人分工合作，巫女负责四座岛上炼金阵法的修筑，青年则去收服阵法需要的强大冰系、火系、电系神奇宝贝。此外，青年也要帮巫女收集和运输炼金阵法需要的材料。
至于洛奇亚，测量完深海水文之后，它成为了两人的朋友。听到两人的愿望之后，它决定留在亚西亚岛上，帮助巫女完成大型炼金法阵。
青年收服了急冻鸟、火焰鸟、还有闪电鸟。亚西亚岛旁边的三座岛屿，被改造成了三种属性力的容纳装置，可以将路过亚西亚岛附近的海流中的三种属性力，全部分离出来。
三只神奇宝贝归位后，橘子群岛的气候变得正常起来。这里的人口越来越多，也越来越热闹繁荣，一直持续到了现在。而青年和巫女的后代，则一直居住在亚西亚岛，守护着三座岛屿和三只传说神奇宝贝……”
漫长的故事讲完之后，红发巫女叹了口气，有些感伤和失落。很明显，故事的主角虽然是青年和巫女，但是，没有她暗中的帮助，仅仅依靠两个人类，是不可能做到这些的。那么，眼前这位红发女巫，在这个爱情故事中，到底扮演着什么样的角色呢？她为什么，又选择以这副模样作为人类的形态呢。
也许，这并不需要解释。就像她刚才所说的那样，她和雪儿是一样的。所以，才会变成心爱的男孩心中，最喜欢的女孩的模样。
“知道我为什么和你讲这个故事吗？”小翔还在胡思乱想的时候，红发巫女突然问向小翔。
“为什么？”小翔一脸迷糊。
“笨蛋！你难道没有注意到周围的异常吗？就在刚才，亚西亚岛附近的火之岛，作为岛屿之主的火焰鸟，突然消失了。现在，巫女当年的阵法失控，深海洋流暴动起来，导致整个神奇宝贝世界的地脉、洋流都受到了波及。
明明是夏天，却在下雪。明明是沙漠，却在不停下着暴雨……现在，整个世界，无数的龙卷风突然出现，风暴、海啸，各种各样的灾祸的征兆都开始显现。无论人类还是神奇宝贝，大家都惊慌失措，焦急异常。而你，却一点状况都不知道！”红发巫女看到小翔一脸迷糊的模样，气不打一处来。
小翔听到红发女巫的话，下意识看了一眼自己手臂上的实况转播器。然后，他尴尬地发现，这东西，竟然没电了。
“抱歉，一直被追杀，光顾着逃跑了。不过，这应该没有什么大碍才对，就算我不出手，也有人会……”
“你是说关都地区波导一族的那个孩子吗？别以为我不知道它的存在。要是你不出现在这个世界，他自然能够成功解决这件事。但是，你的出现，已经彻底改变了这个世界的运行轨迹。
小翔，你敢保证，那个孩子，现在还能克服重重困难，在一个又一个危机中，成功拯救这个世界吗？”红发巫女打断小翔的话，这样问道。
小翔听到红发女巫的话，愣了一下，脸色突然变得苍白起来。
“谢谢您的提醒，第三序列图腾大人。我这就赶过去！”小翔说完，就要催动比雕离开。
“不要叫我第三序列图腾大人。这个模样，你叫我海螺就可以了。你先不要着急，凭借你和比雕的速度，不知道什么时候才能到达那里。接下来，我会送你们一程……”
“什么，第三序列图腾大人您要送我！……不必了，还是让雪儿打开空间通道……”
“叫我海螺……你们知道亚西亚岛的空间坐标吗？不要以为，有了雪儿的帮助，你就什么都可以做到了。
记住，一旦控制者的仪式开始，就不能被打断。也就是说，如果那个关都波导家族的孩子点亮三颗宝珠中的任何一颗之后，其他的人就不能再碰宝珠了。否则，一切都需要重新开始。
还有，任何人都不能直接帮助那个孩子，不然会因为改变命运轨迹，受到命运的惩罚。你可以帮助他阻拦敌人，却不能帮助他完成仪式。你不能载他飞行，更不能帮助他运送宝珠……”
红发巫女叮嘱了小翔一大堆的东西后，完全不顾小翔的反对，就引导者一道巨大的龙卷风，向着小翔这边而来。
“虽然我很想亲自出手解决这个问题。但是，我和第一序列图腾一样，力量都存在整体性的缺陷。总是牵一发而动全身。不然的话，我怎么会拜托你这个随随便便就把我甩了的家伙。
这个龙卷风，其实也不是我制作出来的，我只是故意把你拖延在这里，让你正好处于它的轨迹上而已。最后，送你一件礼物，就作为这次的报酬好了。”
红发巫女说完，飘到了比雕面前，轻轻碰了一下比雕腿上的比雕进化石。然后，一阵七彩光芒中，比雕腿上的比雕进化石就融化成了流光，钻进了比雕的身体里。而比雕，身上突然白光闪耀，开始了进化。
“这是永久超进化，即便濒死后，也不会恢复原样的不可逆进化。这世上，只有我可以做到。最后，祝你武运昌隆，小翔！”
红发女巫对小翔挥挥手，微笑着送走了一脸煞白被卷进龙卷风的小翔同学。小翔唯一能做的，只有赶紧收回比雕，预防在龙卷风中发生碰撞造成二次伤害……
失去意识前的最后一个意念，小翔忍不住感叹道：“还是雪儿好呀！之前能够从第三序列图腾手上解放出来，真是一件幸运的事情呀！”