这天早上，毛利大叔由于接到委托人的邀请租车带着小兰和少年侦探团六个人一起去奇幻乐园。
车上大家有说有笑的，唯独坐在小哀身边的明晖同学似乎并不太高兴。
“你怎么了？看起来有心事。”
“没什么，只是有一种不祥的预感，这一次去奇幻乐园恐怕会出事。不过你放心，我一定会保护好我亲爱的小哀。”看着自己身边这个可爱的女孩儿，明晖同学非常认真的说。
“你自己要注意安全，千万不要再丢下我一个人了。”小哀被他说的有些脸红，但还是叮嘱他注意安全。
下车以后，明晖同学并没有着急进去饭店里，而是事先在外面打电话给怪盗基德，虽然他知道怪盗基德一定会来。
后面进入饭店的明晖同学看着毛利大叔以及三小只那么高兴的样子，他知道自己这一次也没得选了。
他也跟大家一起戴上了ID，其实就算是大家坐的椅子扶手可以扫描指纹他也不需要担心什么，因为这次奇幻乐园的事情跟酒厂完全没关系。
被留在饭店房间里的毛利大叔和柯南也知道了小兰她们的ID会爆炸这件事。明晖同学在他自己和小哀戴上那个ID的时候分别留了一个空隙，这样她可以随时把ID拿下来。
“怎么样？现在心情好点了吗？”
还没等明晖同学说什么，侦探徽章里传来了柯南的声音：“千万不要让大家离开奇幻乐园，还有不要去坐超级巨蛇。”声音听起来很着急，明晖同学当然知道是因为什么。
“就算你这么说，小兰她们也已经进去了。现在只能靠你和毛利大叔了。”
“现在怎么办？进不进去？不进去的话我们两个可以把ID拿下来，进去的话…………”他没有说的太明显，他知道小哀懂他的意思。
“来都来了，不进去太可惜了。你又不是专业侦探，破案的事交给他们就行了。虽然我知道你是为了我好，但是那几个孩子我不能不管，而且你应该知道她对我来说意味着什么。”说完之后小哀重新戴上ID走进了奇幻乐园。
“说的也是，那我就陪你好好玩儿一天，破案的事就交给大侦探他们了。”小哀决定进奇幻乐园，他自然也是要进去的。
他当然知道小哀的意思，小兰在她心里像姐姐一样，虽然她姐姐还活着，但是她还是很在意小兰的。
重新固定好ID，跟小哀一起走进奇幻乐园。“小哀，今天你想玩什么我都陪你，只要你开心就好。”
“你还真是乐观。”
“你也什么都不要想了，开心最重要啊！至于案子的事，他们两个一定会解决的。而且那个纵横天下的白衣大盗也该差不多来了。”当然最后一句他是自己在心里说的。
毛利大叔这边，他跟柯南根据委托人给的线索“TAKA3—8”这对柯南来说相当于开胃菜级别的推理暗号。柯南很快就推理出“3-8=-5”，即“3-8-5”，从而联想到地名的表达方式，TAKA也刚好可以表达高岛町，于是柯南和小五郎便驱车来到位于高岛町3-8-5号的废弃饭店。在这里柯南找到了第一个案件相关的线索：装有手枪和头套的袋子，里面还有一张4月4日的收据。
另外盘踞此地的流浪汉也提供了一份目击证词：4月4日当天曾目击到怪盗基德从此地经过，以及当天饭店门口停了一辆轿跑车，到了傍晚又变成了一辆中古车。
柯南根据以上线索和证词得到推论：4月4日在某地发生过一起案件，作案工具是头套和手枪，歹徒犯案后驱车潜逃，中途来到此地换车并逃离；同一天怪盗基德也经过此地。
紧接着柯南和小五郎因被当成基德同伙而被带到警局，在警局内柯南从中森警官口中得知了两条基德相关的线索，分别是：4月4日怪盗基德在深山美术馆偷走了一颗宝石；最近出现了不明人士想要取基德性命。
其后，委托人打电话来并提供了第二个推理暗号“夜晚的咖啡座”。
这个暗号依旧不难，柯南很快联想到梵高的名画《夜晚露天咖啡座》，画的是马车从点着黄昏瓦斯灯的咖啡座，朝面前走来的风景。由此得知，委托人提示的地点，是日本最早装上瓦斯灯的马车道。
柯南来到马车道，在那里柯南遇见了同样被委托调查案件的服部平次，而后柯南看见路过此地的运钞车，联想到之前发现的头套、手枪和逃亡用的车辆，柯南猜到此地可能发生过运钞车抢案，随后他们找到路边摆摊的占卜师询问，并得到了重要的目击证词：
4月4日中午2点左右，在马车道发生一起运钞车抢案，一名保安企图反抗时被其中一名歹徒开枪射杀，歹徒犯案后驾车逃离。
而后，平次向柯南分享了委托人给的另一个暗号提示“YOUCRY”。柯南根据YOU联想到横滨海洋大学（YokohamaOceanUniversity），二人随即出发前往调查。
在横滨海洋大学他们遇到了伪装成白马探的基德，他提出“CRY”指的是学校内的犯罪研究社，三人来到社团办公室调查，结合基德提供的情报，柯南、平次得到以下线索：
伊东末彦曾是犯罪研究社的社长，但在此前作为运钞车抢案的嫌疑人被通缉；运钞车抢案的后几天，在伊东末彦创立的远东公司里也发生了一起谋杀案。
分析到这里，三个人也发现了委托人伊东末彦给出的三个暗号线索“TAKA3-8”、“夜晚的咖啡座”、“YOUCRY”分别提示了4月4日运钞车抢案的作案工具，作案地点和作案人三条线索。其目的是为了引出接下来委托人真正想要侦探调查的案件，即发生在远东公司的西尾正治谋杀案的真相。
三人组立即决定前往远东公司现场调查，途中基德又向柯南分享了以下情报：
死者是此前同属犯罪研究社的西尾正治，于自己的办公室内被狙击枪射杀，凶手是在后方大楼的厕所内开的枪；另一名社员清水丽子于5月15日自杀，死前疑似被当做枪杀案的嫌疑人受到警方的严厉侦讯；警方在西尾的桌子里发现伊东末彦亲笔写的运钞车抢案计划书。
在勘查完西尾正治谋杀案现场时，柯南和平次分析了现场遗留的血迹，得出以下结论：
作案的凶手有2名。凶手A是本案的真凶，用狙击枪一发命中死者后脑使其毙命；凶手B在案发后又对着现场连开7枪，其中一枪打掉了死者所坐椅子的轮子使其倒地。
由计划书得知，运钞车抢案的策划人是伊东末彦，而死者西尾正治也参与了行动。
三人在横滨海洋大学的时候遇到了清水丽子雇佣的杀手袭击，跟白马探在一起的柯南不小心受伤昏迷了，服部平次告诉他是白马探救了他的时候，他就已经知道这个白马探是怪盗基德了。
在柯南受伤昏迷期间，平次借助大泷警官帮忙从警察那边得知了大量情报，并在车上与柯南交流，汇总了得到的线索之后，柯南、平次得出了如下推论：首先基德被追杀和枪击的原因是他看到了歹徒的脸；在同一位置留下两种不同枪械的弹壳，意味着歹徒驾驶的车上，除了司机之外还有2个人（留下弹壳的地点是在蜿蜒的小巷道，司机不可能边开车边向空中射击），也就是说运钞车抢案的歹徒一共有3名。
与伊东、西尾交情深厚的清水丽子也是运钞车抢案的歹徒之一，从而她也就有了杀害西尾的动机（独吞赃款）。
推理到这里，再结合之前勘察远东公司现场所得出的结论，柯南、平次已经确定：在大楼厕所内狙杀西尾正治的凶手就是伊东末彦和清水丽子。
但到了这里还是缺少了决定性的证据，以致无法得知谁才是真正射杀西尾正治的凶手。
此时阿笠博士向柯南、平次转达了毛利小五郎找到的关键证词：在大楼工作的清洁工表示，案发当天曾在厕所门外听见几声连续的金属撞击声之后，看到伊东末彦拿着高尔夫球袋从厕所离开。
有了这个证词，柯南、平次立即得出推理：
高尔夫球袋内装的是作案用的狙击枪，连续的金属撞击声则是开枪时弹壳掉落地面的声音。对着现场连开7枪的凶手是伊东末彦，而杀害西尾正治的真凶就是清水丽子。
怪盗基德也去深山商事总公司顶楼解决了那些追杀自己的人，虽然清水丽子跑了。在调查案子的过程中，毛利大叔通过纸条告诉目暮警官他们小兰在奇幻乐园里的事，所以目暮警官安排大批警员进入了奇幻乐园。
不巧的是这个时候这里出现一个小偷，他为了跑出去随便抓住的人质又正好是跟高木一起来的佐藤警官，不得不说他是真的惨。
案子真相查出来了，自然要去报告委托人，当然其实根本就不需要特意调查这个案子，最后就是明晖同学跟柯南和服部平次一起制服了躲过催眠瓦斯的清水丽子，然后解除了ID再打电话通知阿笠博士回收ID，之后大家一起去搭了超级巨蛇，当然这次对于大家手上ID的回收是真的一个不差。
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